Jean Baubérot est l’ancien titulaire de la chaire « Histoire et sociologie de la laïcité » à l’Ecole Pratique des Hautes Etudes. Ses domaines de recherches sont l’histoire et sociologie de la laïcité et de la morale laïque, l’histoire et la sociologie du protestantisme, l’histoire de la France contemporaine  et la sociologie des représentations sociales.

Outre ses activités d’enseignant-chercheur, il a fondé le laboratoire « Groupe Sociétés, Religions, Laïcités » (CNRS-EPHE-PSL) dont il est toujours membre, a été Président de l’EPHE et également conseiller pour la Formation à la citoyenneté de la Ministre déléguée de l’Enseignement scolaire, Ségolène Royal.

Son ouvrage La loi de 1905 n’aura pas lieu a paru en septembre 2019, aux éditions de la MSH.